遗传缺陷是影响精子生成的重要原因之一。例如，克氏综合症是一种常见的遗传性疾病，患者通常具有XXY的染色体组合，而非正常的XY组合，这种异常会衍生出睾丸发育不良，水到渠成地影响精子的生成。再者，Y染色体微缺失也是致使男性不育的常见遗传因素之一。
睾丸受到物理性损伤或患有某些疾病，如睾丸炎、附睾炎等，都可能损害睾丸内的生精细胞，进而影响精子的正常生产。严重的损伤或长期未得到有效治疗的疾病可能衍生出长期性的生育障碍。男性体内激素水平的变化，尤其是促性腺激素以及睾酮的水平异常，会影响睾丸的功能，干扰精子的生成过程。例如，低水平的FSH和LH会减少刺激睾丸产生精子的能力，而睾酮水平过低则可能触发性欲减退和精子生成障碍。长期暴露于有害环境中，如重金属、农药、工业化学品等，或高温工作环境，均可能对男性的生殖系统造成损害，影响精子的质量和数量。
附带一提，吸烟、饮酒、使用违禁物等不良生活习惯也被证实与男性不育有关。